質問の件、結論住宅ローンの減額は必要ありません。
住宅資金贈与に関しては年内に受け取ったものであれば先に出した自己資金3,000万円に対して、贈与を受けた金額は含めても大丈夫です。
おそらく気にされていた部分は
先行して支払い済みのお金に対して今からもらうお金を住宅資金贈与として使うことができるということかなと思いますが、
・住宅資金贈与の申告では口座の写しの提出を必要としないこと。
から、実質問題ないかと思われます。
住宅資金贈与を受けた際の贈与税の申告には請負契約書がございますので、
別件でなにかの拍子に税務調査等が入った場合は、中間金等の支払い予定期日と融資実行の日程、資金を受け取った日付の3つから、デイトバックを指摘される可能性はゼロとは言えません。
住宅資金贈与のみで税務調査はほぼ入りませんが、あくまでお客様の自己責任としてご案内ください。