はい、副業で一定の金額を上回ると確定申告する必要があります。申告をしないとさらに税金が上乗せされてしまいます。「無申告加算税」や「延滞税」はけっこう重たいペナルティですので注意してください。
申告をすると会社にバレる！とお考えかもしれませんが、申告をしないことによる制裁も大きいのでおススメできません。。。
もし対応策を考えるのであれば、確定申告をした上で住民税の徴収方法の欄に「自分で納付」にチェックを入れることです。すると、会社に通知が行かず給与から天引きされるのを避けられます。副業分の住民税が加算されることでバレてしまうことを避けるためです。

申告が必要になる代表的なケースを載せておきます。参考にしてください。
①副業先が企業勤めで源泉徴収票が出る場合、本業の源泉徴収票と合わせて申告する（ただし年末調整は1か所のみ）

②バイトや不動産投資などで所得が20万円を超えた場合、本業の源泉徴収票と合わせて申告する